ChiroSurf 2.4, analyse bioacoustique, gratuit, portable [24 04 24]

Bonjour Franck,
ChiroSurf ne s'installe pas, il est portable. Je suppose que tu as bien dézippé avec un logiciel comme 7-zip (clic droit "extraire ici") puis double cliqué pour le lancer. Vérifie que tu as bien la version 2.1. Si tu veux envoie-moi un message perso via la messagerie en haut de cette page pour mieux expliquer (version, lancement depuis PC ou non...). Plusieurs explications sont possibles, par exemple un lancement depuis une clé usb défectueuse ou depuis un raccourci vers une ancienne version déplacée, entre autres.

[edit: d'après les infos, sans doute un souci lié au réseau d'entreprise qui n'autorise pas l'accès]

Mon (vieux) PC HP, ne peut plus ouvrir ChiroSurf 2.0 ou 2.1 ( message erreur à l'ouverture : the screen must be at least 1280x800 pixels, yours is 1366x768 ). et la définition écran ne peut aller au desssus de xxx768.
Existe-t-il un contournement possible ?
D'avance merci pour votre aide.

Bonjour jplmps,
Malheureusement j'ai mis cette limite (dont le message sera en français dans la version suivante) sinon le cadre des graphiques ne peut pas s'afficher en entier et les graphiques en points seraient de moins bonne facture si je les adaptais à de tels écrans. Je viens d'essayer avec ta résolution et il manque le bas: il faut la place pour la barre de validation en haut quand cette fonction sera finalisée (j'attends des infos de l'équipe vigie chiro pour planifier ça). Avec 1366x768 ça peut encore passer si ta barre des tâches se masque automatiquement, sinon c'est fichu, pas assez de place. Indique-moi une adresse dans la messagerie en haut de cette page si tu as configuré une barre des tâches qui se masque en bas, je t'enverrai une version sans cette limitation.

Je n'ai pas d'avis tranché, mais ça parait intéressant d'avoir une version compatible pour les écrans qui ne peuvent aller au-delà de 768 pixels de hauteur. Un de mes collègues qui a un ultraportable est aussi concerné

Ok, j'ai envoyé une version modifiée mais ce sera dispo ici avec la prochaine version seulement. Les infos dont je parlais concernaient en fait les futures autres fonctionnalités du logiciel.
Sinon, j'ajouterai dès le début du manuel (et sans doute au lancement de la première utilisation de chaque nouvelle version) que ChiroSurf est optimisé pour des fichiers préparés pour le protocole Vigie Chiro, à savoir pas trop longs (en gros moins de deux minutes pour l'instant, idéalement 50s si expansion) et avec séparation des canaux comme indiqué dans le tuto de Kaleidoscope ("split channels"): c'est la condition pour lire les fichiers issus des détecteurs enregistrant sur une voie l'hétérodyne et sur l'autre en expansion.

Bonjour Yann
J'ai une petite question cosmétique sur le graphique "contacts dans le temps". L'échelle du temps n'est pas toujous indiquée alors que des points se retrouvent encore sur la droite du graphique.
Il est possible que dans les dates et heures indiquée lors du chargement d'une participation Tadarida, je donne la date heure minimum ( = démarrage du Teensy PR) et la date heure maximum ( = arret "brutal" du PR pour batterie vide ou carte SD pleine) : par exemple 22/07/2023 20:00 - 27/07/2023 01:35 . Se pourrait-il que le graphique soit tracé sur 20:00 à 01H00 alors que des points entre 01H00 et 06H00 existent pour les jours précédents.

D'avance merci.

Bonjour Yann
Autre question sur le graphique "contacts dans le temps". Comment expliquer la présence de points d'identification dans des fréquences improbables comme des Pippip à 110 ?
D'avance merci.

Bonjour Jean-Philippe,

Avant de te répondre, pour info la prochaine version sera dispo je pense dans trois semaines au plus tard, avec pas mal d'améliorations pour les graphiques. Par contre c'est extrêmement chronophage, je ne compte plus les heures. L'idée est de proposer cette version puis de voir ensuite les besoins pour la suivante.

Pour les deux questions, les graphiques suivent les données des csv Tadarida.

Concernant les signaux de Pippip à 110kHz, d'une part Tadarida analyse aussi les harmoniques pour détecter les taxons, ce qui explique d'ailleurs d'autres taxons émettant dans l'audible contactés uniquement grâce aux harmoniques. Pour l'inaudible ça peut donc aller très haut. D'autre part, Tadarida ne met pas une limite haute à 120kHz comme dans les graphiques: la fréquence médiane peut donc se retrouver à 110kHz dans le csv pour les harmoniques. C'est lié à des niveaux de confiance très faibles il me semble pour Pippip. Ce peut donc aussi être une analyse erronée de Tadarida.

Pour la première question, je ne suis pas certain d'avoir compris. Si plusieurs jours sont présents dans un même csv, ça ne fonctionnera pas, je n'ai pas prévu ce cas pour l'instant. L'échelle de temps était calculée par rapport à la deuxième ligne du csv pour le début (premier contact) et la dernière ligne pour la fin (dernier contact). Par contre, même si ce n'est pas ton cas, c'est vrai que pour certains csv issus d'un enregistreur avec deux micros, un micro 0 et un micro 1 sont indiqués. Le souci est la manière dont les noms sont organisés dans les csv (d'abord tous les signaux du micro 0, puis tous ceux du 1) : or le premier signal du 0 peut survenir après celui du 1, et le dernier du 1 avant celui du 0. Ce problème est réglé pour l'affichage des points dans la prochaine version (les protocoles routier et pédestre étaient concernés). Par contre je vais devoir regarder pour le début et la fin de l'échelle de temps: même si les points sont exacts il se peut que l'échelle ne soit pas indiquée pour un ou deux signaux.

Merci, ça permet des améliorations.

Bonjour et bonnes fêtes à tous ceux qui passent par là...

Pour info la version 2.2 est finalisée et sera mise en ligne lundi. Plutôt que de la mettre en ligne dès aujourd'hui, je prends le temps de construire un Manuel "Valider avec ChiroSurf" et un autre "Graphiques avec ChiroSurf", ce sera plus clair.

Outre la modif qui permet d'afficher des graphiques sur plusieurs jours, y compris si l'enregistreur tombe en panne et sans se soucier du nombre de micros (voir le message ci-dessus, c'est un peu plus long pour trier les taxons car c'est dans la même boucle), en vrac les améliorations qui seront détaillées lundi: validations disponibles pour tous les protocoles Vigie Chiro avec mise à jour des graphiques à chaque validation, images, noms vernaculaire et scientifique de tous les taxons (chiro, sauterelles, autres insectes, autres mammifères et autres taxons) affichables même si le taxon n'est pas présent dans le csv (en anglais ou en français selon la langue détectée), nouveau graphique cliquable de répartition des contacts en fonction de la confiance Tadarida, nouveau graphique de comparaison de deux ou trois csv (pour un aperçu rapide avec trois enregistrements simultanés par exemple), axe temporel des graphiques jusqu'à x48 avec des repères, marqueurs et info-bulles pour les validateurs du MNHN pour aider les vérifications des csv et pour les observateurs recevant un fichier _Vu_Vu, et bientôt la possibilité d'éditer les images, la traduction et bien plus encore à partir de fichiers externes au logiciel...

Bonne journée à tous le monde

J’ai hâte d’être en 2024! Bonne fête de fin d’année et rendez-vous en 2024 pour de nouvelles aventures !

Bonjour,
Pour info sur mon PC le problème du blocage par SmartScreen est réapparu avec la version 2.2, agrémenté d'une identification du logiciel comme "ransomware"
Je reste sur la 2.1 qui fonctionne bien chez moi (ordi d'entreprise dont je ne suis pas admin sous windows 11).

Bonne journée.
Jean-Christophe

Yann T. a écrit:

Mise à jour, 23 janvier 2023

- Merci beaucoup à Héloïse d'avoir signalé ce problème d'installation: l'installation était correcte mais le filtre Smartscreen de Microsoft bloquait du fait d'une étape manquante dans le code pour la mise à jour.

Bonjour jcgattus,
Information brutale que cette alerte ubuesque de smartscreen. Je te remercie d'avance si tu peux m'aider à comprendre via la messagerie privée ("messagerie" en haut) avec des infos complémentaires comme l'antivirus utilisé ou le navigateur de téléchargement et les conditions de l'installation. Toutes les étapes sont ok pour cette version. Pour info, en plus de mon antivirus, je laisse smartscreen sur mon ordi car je sais qu'il a parfois des réactions étranges, pour tester. Aucune alerte, même en désactivant mon antivirus. Et de toute façon, vu le code... ça ne fait pas honneur à smartscreen...
Merci pour l'info pour le fonctionnement ok sur le serveur d'entreprise sans être admin. Les serveurs d'entreprise qui posent problème pour l'ouverture des fichiers wav stockés sur le serveur sont de type NAS.

Pour info jcgattus a testé sur un autre serveur et ça fonctionne sans aucun souci. Ce cas est représentatif du fonctionnement des serveurs d'entreprise avec les logiciels portables comme ChiroSurf, capables de lancer des scripts sans installation: tout dépend des réglages de l'informaticien local et des permissions accordées.

On ne peut pas comparer avec d'autres logiciels qui demandent une installation par l'informaticien. Or le réglage des serveurs d'entreprise de type NAS est parfois complexe et ne peut être testé que localement par l'informaticien. ChiroSurf est aussi testé sur un serveur d'établissement très sécurisé: jamais de problème...

Pour l'ouverture des fichiers wav stockés sur un serveur d'entreprise de type NAS, certains ont rencontré un souci d'ouverture via un "partage" du fait du nom du dossier dans ce cas précis, c'est une piste en cours de test.

Beaucoup de souci pour afficher les images dans le forum, désolé...

Apparemment l'affichage direct des images depuis un drive n'est plus autorisé. Je me suis dit que c'était pour éviter d'engorger le forum donc j'ai tout remplacé par des liens, mais je n'avais pas activé le partage contrairement à ce que je croyais... Normalement c'est bon pour ce post et ceux concernant les graphiques et les validations. S'il faut réduire tout ça, pas de souci, il faut juste me prévenir, je peux juste renvoyer aux notices. S'il faut rectifier le travail effectué aussi, des choix ont été faits et je ne sais pas si ce sont les bons. Comme la version 2.3 est en construction, autant le dire maintenant...

Je suis preneur de toute proposition pour tester en cas de souci (je pense aux serveurs d'entreprise): sans retour et test je ne peux pas trouver de solution et je ne sais pas s'il s'agit de cas isolés.

Bonjour Yann,

Je peux accéder aux sons stockés sur nos serveurs avec la MAJ, merci beaucoup c'est super !

Merci beaucoup Adélaïde pour cette super info! Merci à toi et Clément pour la copie d'écran qui a permis de résoudre ce souci. Je vais mettre cette version 2.3 dans le premier message du post.

Bonjour Yann !

Je tenais déjà à te dire bravo pour ce logiciel très ergonomique et avec toutes les facilités de traitement qu'il possède ! Ce n'est normalement jamais très facile de changer ses habitudes et pourtant moi qui utilisait batsound, je trouve que chirosurf possède beaucoup d'avantages

Pour les petites idées d'améliorations de mon côté, voici ce à quoi j'ai pensé :
- Pouvoir changer les couleurs en RVB qui sont un peu plus lisibles (à mon sens) pour l'analyse des murins
- Pour le processus de validation des données, intégrer les catégories suivantes (chirosp, parasi, pip35, pip40, pip50, Myosp, ENVSp). Ou bien tout simplement pouvoir rajouter nous même à la main une identification ou une nomenclature. J'avoue que pour l'instant ça manque un petit peu quand j'ai un son que je souhaite classer mais qui ne fait pas partie des propositions pré-existantes.

Dans tous les cas, merci à toi pour ce super boulot qui va en aider plus d'un !

Bonsoir Caroline,
Merci pour les compliments.
La nouvelle version, qui a demandé quelques centaines d'heures de travail pendant quelques mois, sera dispo la semaine prochaine. Les listes de taxons et le processus de validation ont été mis à jour après des précisions apportées par Yves Bas lors de deux réunions de travail.

Concernant tes attentes, elles ne sont pas possibles pour l'instant pour plusieurs raisons:
Pour les couleurs:
- Aucune différence entre couleurs RVB et hexadécimales, ce sont deux façons d'écrire les mêmes couleurs.
- J'ai choisi les formes et couleurs par rapport aux taxons dont la fréquence médiane est proche, pour des questions de contraste et en fonction de l'abondance des taxons. Des essais ont demandé pas mal de temps à partir des csv Tadarida. Visuellement c'est beaucoup plus net qu'avec Shiny.
- Lors des essais j'ai parfois eu la même impression que toi, mais en changeant c'était moins bien... C'est difficile de trouver plus de 30 couleurs différentes qui soient bien contrastées.
- Et surtout: ne valide pas avec tous les taxons ensemble, choisis un taxon seul. Si le taxon est détecté, alors il est en gras dans la légende et présent dans la liste déroulante en haut (taxons détectés par tadarida + ceux éventuellement ajoutés par l'observateur).
- Et encore plus important: ce sera plus simple dans la prochaine version avec un graphique qui affichera les confiances max de chaque taxon détecté, on clique sur le code du taxon et on arrive sur le graphique de validation pour ce taxon directement à sa confiance max (graphique par tranche de confiance, non cumulé).

Pour les catégories:
- Les listes sont imposées par Tadarida, ce que Tadarida peut détecter ou pourra détecter plus tard. On ne peut pas intégrer des catégories hors Vigie Chiro comme celles de SonoChiro. Et bien sûr je n'ai pas la main sur ça, c'est Yves Bas qui décide en fonction des réglages possibles et pertinents pour Tadarida.
- Pour "parasi" tu as "elec" pour un parasite électronique. Je ne suis pas certain que chirosp ou Myosp soient très pertinents par exemple.

J'avais déjà cette idée des couleurs personnalisables mais plus tard (beaucoup de choses à tester). Ce serait déjà possible pour un utilisateur mais pas facilement: un dossier "plugin" est déjà présent pour recevoir une version éditée du fichier qui gère les graphiques et le lancer à la place du fichier interne au logiciel, mais ce fichier fait encore plusieurs dizaines de milliers de lignes.

Bonne soirée, merci du retour,
Yann