Le manuel d’utilisation de la version 1.7 (version obsolète: actuellement 1.9), mis à jour, est disponible via le logiciel (Liens > Manuel d’utilisation)
Il est plus long (15 pages) mais bien plus précis et facile à parcourir. Bonne lecture !
ChiroSurf 1.7 Sommaire 1. Icônes et indications page 2. 2. Vues et déplacements page 3. 3. Réglages de luminosité absolue / relative du sonagramme page 4. 4. Mesures : lignes et informations associées page 5. 5. Mesures : durée, fréquence, FME pages 6 et 7. * Mesure d’une durée (d’un signal, d’un intervalle, d’une séquence de signaux) * Mesure d’une fréquence (fréquence initiale, fréquence terminale, largeur de bande) * Mesure de la FME par pointage ou sélection (fréquence du maximum d’énergie) * Mesure de la FME avec sélection d’une plage de fréquence * Mesure de la FME avec le spectre * Autres outils du spectre 6. Choix des axes de temps et de fréquence (configurations internes) pages 8 et 9. 7. Fonctionnalité hétérodyne (plein spectre ou non) page 10. 8. Créer et ouvrir des notes aux formats txt ou csv page 11. 9. Installation et configurations pages 12 et 13. 10. Configuration personnelle page 14. 11. Que faire en cas de message d’erreur ? page 15
Dernière édition par Yann Trévilly le Lun 31 Juil - 12:14, édité 1 fois
Yves Bas, P. GERSON et Hervé Renaudineau aiment ce message
J'ai précisé les conditions d'utilisation du logiciel, du moins le retour simple attendu: dans ChiroSurf > Liens > Téléchargement et conditions d'utilisation. Merci de jeter un œil.
As-tu prévu de réduire le temps de latence qui interdit de passer au fichier suivant (les flèches restent inactivées pendant environ 3 secondes) ? C'est peut-être le seul petit défaut qui m'incite par moment à revenir à Syrinx, quand j'analyse de longues séries de fichiers et qu'il est utile de passer en revue rapidement beaucoup de fichiers. J'ai compris que ce temps de latence protégeait de certains crash, mais peut-être serait-ce possible de le rendre paramétrable pour que les gens pressés comme moi puisse le réduire ? Et merci encore une fois pour ce superbe outil !!
Effectivement c'est prévu mais comme j'ai déjà essayé en vain, je souhaite me pencher sur ce point pendant l'été afin d'avoir plus de temps pour repenser la façon de passer au fichier suivant/précédent. Il est sans doute possible de gagner 1 seconde mini si les fichiers qui se suivent ont le même format. En ce moment je fais d'autres tests qui demandent moins de précaution et peuvent se faire par intermittence. Je vais me faire une version dédiée au test de changement de fichier.
J'ai aussi édité la notice pour préciser la mesure de FME et je ferai une page dédiée.
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Yann T.
Messages : 102 Date d'inscription : 02/09/2020
Sujet: Re: ChiroSurf 2.4, analyse bioacoustique, gratuit, portable [24 04 24] Ven 9 Juin - 6:28
ChiroSurf 1.8 : 09 juin 2023
- Amélioration pour la recherche de la FME. - Transition plus rapide entre les fichiers (suivant/précédent). - Trois graphiques à partir des csv Tadarida.
- Amélioration pour la recherche de la FME. ChiroSurf effectue à présent un scan de plusieurs mesures simultanées afin d’avoir une mesure de FME réellement intuitive et simple: c’est une adaptation à l’usage qui en est fait, notamment dans les formations. En effet, jusqu’à présent la précision de la mesure de FME affichée était dépendante du point d’insertion du curseur et ne permettait pas de s’affranchir complètement du spectre. Le code n’était pas à la hauteur de l’usage.
Ce n’est plus le cas: il faut faire comme ce qui est montré dans les formations, à savoir simplement encadrer le signal sans se soucier si on mesure de droite à gauche ou de gauche à droite en déplaçant l’une ou l’autre des lignes de mesure, et sans avoir besoin de vérifier le spectre. Par sécurité pour un signal isolé très bref on peut prendre un peu large, par exemple 2ms avant. La FME affichée sera stable ou oscillera entre deux valeurs très proches.
Éventuellement on peut choisir d’afficher comme ci-dessous des repères: celui de la plage de mesure prise en compte (de la ligne noire de gauche à la ligne rouge de droite), et/ou ceux de la plage nécessaire à la précision de la mesure si on encadre trop étroitement un signal très bref (entre les deux lignes violettes), car il faut un minimum de dégagement pour la mesure de FME:
- Transition plus rapide entre les fichiers (suivant/précédent). Les transitions entre deux fichiers vont plus vite: entre 0,5 seconde et une seconde de moins. Il doit y avoir moyen de gagner encore du temps, non pas sur la transition, mais sur le temps d’affichage des panneaux.
- Trois graphiques à partir des csv Tadarida. Tout ce qui concerne les graphiques sera expliqué dans le post entièrement édité qui s’appelait auparavant «Outil de visionnage et de comparaison des données des csv Tadarida (Points fixes)» et se nomme à présent « Graphiques avec ChiroSurf à partir des csv Tadarida », si on me le permet. Le passage en ligne par un drive était fastidieux, pas intuitif, et constituait un usage numérique évitable et très générateur de CO2e. Ce sera donc développé dans ChiroSurf. Voir donc ce post.
La notice a été actualisée Une mise à jour du logiciel se fera en septembre s’il est effectivement utilisé avec des retours comme c’est précisé dans les conditions d’utilisation (voir « Liens » > « Téléchargement, conditions d’utilisation »).
Dernière édition par Yann Trévilly le Lun 31 Juil - 12:29, édité 2 fois
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Yann T.
Messages : 102 Date d'inscription : 02/09/2020
Sujet: ChiroSurf 1.9, 20 juin 23 Mar 20 Juin - 5:59
ChiroSurf 1.9: 20 juin 2023
- Fluidité des sélections aux vues larges. - Ouverture des fichiers directement depuis les graphiques en points. - Axe temporel des graphiques en points zoomable.
- Fluidité des sélections aux vues larges. * L’amélioration de la mesure de FME avait généré un ralentissement du déplacement du curseur aux vues larges, du fait d’une grande quantité de calculs simultanés. À présent les calculs sont effectués uniquement au relâchement du clic souris.
* Les sélections sont ainsi redevenues fluides.
- Ouverture des fichiers directement depuis les graphiques en points. * Tous les symboles des graphiques en points sont maintenant cliquables pour ouvrir le fichier correspondant. * Le premier fichier cliqué ouvre l’interface de choix de dossier des fichiers wav. * Une fois ce premier fichier wav ouvert, le graphique disparaît pour laisser la place aux panneaux (sonagramme…). * Pour faire réapparaître le graphique il suffit de cliquer sur l’icône « graphique » en haut à droite (la même utilisée pour lancer les graphiques). * À partir du second fichier wav, les fichiers s’ouvrent directement parce que le dossier du premier fichier est mémorisé.
- Axe temporel des graphiques en points zoomable. * de 83 % à 400 %
Lien de téléchargement: - Version avec par défaut l’axe temporel « T/10 » (tous les signaux sont interprétés comme signaux chiro/ortho: échelles et unités adaptées): Téléchargement du logiciel ChiroSurf 1.9(zip)
Pour choisir par défaut l’axe temporel « Tr» qui permet de passer automatiquement des fichiers chiro/ortho à des fichiers ornitho par exemple (clic sur A pour forcer l’interprétation en tant que chiro/ortho pour des mp3 ou des wav chiro/ortho avec échantillonnage adapté au grand public): il suffit de faire Fichier> Paramètres> Configuration par défaut> Choisir une configuration « Tr » et Ok.
Les configurations nommées « fixe » sont prévues pour une barre d’état fixe en bas de l’écran, les autres pour une barre d’état qui se masque automatiquement.
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Yves Bas Admin
Messages : 387 Date d'inscription : 17/08/2020
Sujet: Re: ChiroSurf 2.4, analyse bioacoustique, gratuit, portable [24 04 24] Mar 20 Juin - 12:21
Wouha !!! J'en tombe de ma chaise !! Trop bien !!!! (j'avais raté la 1.8 donc le choc est puissant) Merci encore !!
Yann T.
Messages : 102 Date d'inscription : 02/09/2020
Sujet: Re: ChiroSurf 2.4, analyse bioacoustique, gratuit, portable [24 04 24] Ven 30 Juin - 6:33
J’aurais besoin de quelques renseignements pour préparer la prochaine version de ChiroSurf. Merci à tous ceux qui pourraient m’aider sur ces points:
- Nom des fichiers wav du protocole point fixe.
* la version 1.9 permet les graphiques uniquement pour des noms du type Car191241-2023-Pass1-Z1-20230516_212005_000
* Si j’ai bien compris, Tadarida permet d’ajouter des informations supplémentaires concernant le matériel avec des fichiers du type Car191241-2023-Pass1-Z1-xxxxx_20230516_212005_000, ce qui complique la tâche...
* Et même d’autres informations avec le repère -0 pour l’indiquer à Tadarida: Car191241-2023-Pass1-Z1-PaRecPRxxxxx-0_20230516_212005_000
* Existe-t-il d’autres cas? * Tous les cas possibles se terminent-ils par une indication de date et horaire du type 20230516_212005_320?
- Nom des fichiers des protocoles routier et pédestre.
* Est-ce bien du type Cir3251-2023-Pass1-Tron1-Chiro avec un numéro de circuit comportant un nombre variable de chiffres pour le routier et les 6 chiffres du carré pour le pédestre?
* Les fichiers découpés par Kaleidoscope ont-ils bien la forme Cir141160-2023-Pass1-Tron6-Chiro_00119_980?
J’imagine que les entêtes des csv pour les protocoles pédestre et routier sont les mêmes que pour les points fixes.
Bonjour à tous Je viens d'essayer Chirosurf qui me parait vraiment intéressant. J'aurais juste une question sur la visualisation. Est-il possible d'afficher les sons sur des fréquences supérieures à 120khz. Je travaille sur les Antilles et 120 est un peu juste pour certaines espèces. Merci d'avance et bravo Yann pour tous ce travail.
Bonjour Baptiste, C'est une fonctionnalité nécessaire en effet. La difficulté vient du fait que ChiroSurf impose volontairement des vues fixes, normées, pour deux raisons: permettre de comparer des formes de signaux à des zooms identiques (proportion durée / fréquence max normée, la vue 15 est la vue de référence pour comparer des formes de signaux) et adapter la fft (256, 512, 1024, 2048) au niveau de zoom pour voir certains détails, contrairement au zoom d'audacity par exemple. Donc changer la fréquence max impose de modifier la durée affichée pour chaque vue afin de garder les proportions de signaux si on coche cette future option: je ne peux pas augmenter la hauteur du sonagramme sous peine de ne plus voir l'oscillo. Je vais essayer de préparer une version "Outre-mer" en attendant d'ajouter cette option. N'oublie pas un petit mail (dans le logiciel, voir Liens>Téléchargement, conditions d'utilisation) pour indiquer le cadre de l'utilisation: c'est un retour important pour moi pour continuer à développer ce logiciel.
Pour Baptiste et une utilisation de ChiroSurf dans les Antilles, et ceux qui m'ont indiqué son utilisation en Guyane: comme je manque de temps pour ajouter correctement l'option qui permet de voir jusqu'à 150kHz max en gardant les mêmes rapports fréquence/durée affichées que pour l'utilisation à 120kHz max, voici une manière de procéder en attendant: clic droit sur l'axe temporel puis "Sauvegarder la configuration...", choisir un nom perso et l'enregistrer; aller la chercher dans le dossier "C:\Users\VotreNom\.chirosurf\1.9\configurations\VotreConfiguration.conf" puis mettre 15000 au lieu de 12000 à la ligne "$widget analysis::addSpectrogram $pane -sectdoall "1" -topfrequency "12000" -layer "bottom"". Dans fichier/Paramètres choisir cette configuration par défaut puis Ok, et ouvrir un nouveau fichier pour la lancer la première fois. Le sonagramme s'affichera sur 150kHz mais l'affichage sera légèrement différent de celui avec une configuration à 120kHz (signaux légèrement plus aplanis), ce qui ne sera plus le cas quand l'option sera ajoutée.
Merci Yann la modif marche nickel C'est parfait l'interface est ultra rapide et c'est un réel plaisir de naviguer dessus. Il va quand même me falloir un peu de temps pour maitriser tout. Par contre je viens d'essayer d'ouvrir des fichiers enregistrer avec un D240 en X10 et ça fait bugger le logiciel. Est ce que d'autres on eu ce genre de problème ?
P. GERSON
Messages : 40 Date d'inscription : 22/09/2020 Localisation : Isère
Bonjour, Le D240 fournit un signal stereo (2voies:hétérodyne et extension de temps). J'ai eu aussi la même réaction avec le batbox duet.(heterodyne et div de freq.) J'avais constaté que chirosurf ne supportait pas les deux voies. Solution: supprimer une voie a l'enregistrement(cable mono) ou par lot sur les fichiers (kaleidoscope). Yann pourra peut être nous indiquer si le symptôme se comprend par rapport a la mécanique de l'application.
Idéalement il faudrait m'envoyer un fichier de vos appareils pour que je teste. ChiroSurf mixe par défaut les deux canaux d'un fichier stéréo classique et il serait très facile d'afficher seulement l'un ou l'autre, et faisable de filtrer l'un ou l'autre mais là c'est un cas différent, il faut que je teste. Baptiste ou Patrick, ce serait top si vous pouviez m'envoyer un fichier type, par exemple via l'adresse mail indiquée dans ChiroSurf quand on fait "Liens/Téléchargement...". Ma version test est configurée pour afficher et jouer seulement le canal gauche, c'est-à-dire pas de changement pour un fichier mono et le canal "direct" sinon.
@Yann, pour les noms de fichiers tu as tout bon. Il y a effectivement une zone libre entre le préfixe et le suffixe pour le point fixe. Pour le routier et le pédestre, ton modèle est bon pour les enregistrements mono, mais quand il y a stéréo (utilisation de Tranquility Transect ou D240x), ils s'écrivent plutot selon ce modèle : "Cir141160-2023-Pass1-Tron6-Chiro_0_00119_980" pour le canal gauche, et "Cir141160-2023-Pass1-Tron6-Chiro_1_00119_980" pour le canal droit. Encore merci !
@Patrick et Baptiste Merci Patrick pour les infos et Baptiste pour le fichier type : apparemment le D240 crée des wav avec des blocs de métadonnées organisés différemment de ce qui est le plus courant, d’où le souci. Pour y remédier il faudra peut-être que je recompile un des composants, mais ce type de compilation n’est pas dans mes compétences pour l’instant. La solution est celle donnée par Patrick dans son message un peu plus haut.
@Yves Merci pour les précisions. L’objectif est de pouvoir élaborer des graphiques pour tous les types de noms de fichiers wav de Vigie Chiro, pour les trois protocoles, et de proposer, après ton aval éventuel, une alternative à Shiny pour la validation des trois protocoles (mais si c’est ok cette version devrait alors être hébergée par le MNHN et non sur mon drive)… J’arrive à dégager plusieurs heures par jour mais c’est très long et même pénible vu la quantité des taxons, presque à plein temps.
Voici deux visuels de ce que sera sans doute cette prochaine version, je ne sais pas du tout quand ce sera dispo. En haut un exemple d’interface de validation avec mise à jour du graphique après chaque signal validé, en bas ce que pourrait être un graphique pour un protocole pédestre :
Au passage si Shiny pose problème avec certaines versions de R comme cela a été indiqué dans un autre post, la prochaine version de ChiroSurf permettra sans doute de faire des validations en cliquant sur les points à la manière de Shiny. Les tests fonctionnent pour tous les types de noms de fichiers et tous les protocoles, un fichier Nom_Vu.csv est généré par l'observateur et un fichier Nom._Vu_Vu.csv par le validateur. Le fichier qui génère les graphiques et les validations peut être externe au logiciel et peut ainsi être supervisé, modifié, adapté (par exemple plus tard pour les Antilles)... Par contre c'est extrêmement chronophage et je suis au max de ce que je peux faire en bénévolat. Donc pas d'idée précise de la date pour cette version, et les cellules vides des csv_Vu produits contiennent le signe ", c'est peut-être gênant.
Petite info: je vais tenter de mettre une prochaine version lundi 19 en soirée. L'intérêt est qu'il n'y aura plus qu'à dézipper sans se soucier de la barre des tâches, donc rien d'autre à faire. Les graphiques seront plus développés et adaptés aux différents protocoles et noms de fichier mais pas encore finalisés pour le choix sp. autre que chauves-souris. Il reste un des graphiques en barres pour deux groupes de taxons et tous les graphiques routier/pédestre pour le choix sp. à réaliser (c'est fait pour les taxons de façon individuelle).
- Graphiques à partir des csv Tadarida plus développés et adaptés aux différents noms de fichiers. - Pour les Antilles et la Guyane possibilité d’afficher sur 150 kHz. - Amélioration des commandes Fichiers suivant/précédent.
- Il suffit maintenant de dézipper sans se soucier de la configuration de la barre des tâches: les panneaux seront dimensionnés automatiquement.
- Graphiques à partir des csv Tadarida plus développés et adaptés aux différents noms de fichiers. * Les graphiques fonctionnent normalement avec tous les types de noms de fichiers Tadarida à présent. * Ils ont été développés: tout est indiqué dans le logiciel quand on ouvre un csv Tadarida. * Certains graphiques sont en cours de développement: c’est indiqué dans le logiciel quand on les manipule. En particulier le choix «sp.» n’est fonctionnel que pour les chiroptères avec le protocole «Point fixe». * Tous les protocoles (fixe, routier et pédestre) et tous les graphiques sont disponibles quand on choisit un taxon précis à la place du choix «sp.». La mention «Visuel en construction» signifie seulement que la forme et la couleur des points sont provisoires et que les noms latins et communs ne sont pas encore indiqués. * La barre de validation permet d’avoir les données du csv mais ne permet pas encore les validations.
* Les fonctionnalités graphiques de ChiroSurf seront développées sur ce post qui n’est pas encore à jour: Graphiques à partir de ChiroSurf
- Pour les Antilles et la Guyane possibilité d’afficher sur 150 kHz. * Il suffit de choisir le réglage 150 dans les paramètres et d’ouvrir un fichier. Les proportions des signaux sont les mêmes qu’avec le réglage 120.
- Amélioration des commandes Fichiers suivant/précédent. * Outre une plus grande rapidité, correction de deux bugs qui bloquaient leur fonctionnement dans deux cas: quand les fichiers ne se trouvaient pas dans un dossier mais à la racine d’un volume (par exemple une clé usb sans dossier) ou quand ils étaient ouverts par double-clic et non par ChiroSurf.
Lien de téléchargement: - Version avec par défaut l’axe temporel «T/10» (tous les signaux sont interprétés comme signaux chiro/ortho: échelles et unités adaptées): Téléchargement du logiciel ChiroSurf 2.0(zip)
Pour choisir par défaut l’axe temporel «Tr» qui permet de passer automatiquement des fichiers chiro/ortho à des fichiers ornitho par exemple selon l’échantillonnage des fichiers (avec possibilité en un clic d’imposer la lecture «chiro»: choix A ou 10 en haut à droite), il suffit de faire Fichier> Paramètres> Configuration par défaut> Choisir une configuration «general» et Ok.
ChiroSurf 2.1: 25 septembre 2023 Juste une rectification des fichiers "Manifest" et "Version info" avec le bon numéro de version: pour éviter d'avoir un message d'alerte. Pour la version 2.0, au survol de la souris il est indiqué 1.9 et cela suffit à inquiéter un antivirus. Je n'ai eu aucun retour dans ce sens mais je ne serais pas étonné que certains aient été concernés. Désolé si cela s'est produit.
Sinon, pour l'évolution prochaine du logiciel: - finir les graphiques (2 en barres pour deux groupes, 4 en points avec le choix sp. pour les protocoles routiers et pédestres chiro, idem en points pour tous les protocoles des autres groupes avec le choix sp., personnaliser les taxons individuels de tous les groupes de la même façon que les chiro). - permettre les validations: un fichier nomducsv_vu serait créé. S'il est absent du dossier il est créé, s'il est présent dans le même dossier que le csv il est complété et on peut poursuivre les validations. - autre évolution possible: ajouter une image libre de droit de l'espèce (si j'en trouve) quand on choisit un taxon précis (il y a la place à gauche dans la colonne vide).
Sans rapport je vais essayer de mettre, aujourd'hui ou demain, des vidéos des pipistrelles au gîte chez moi à côté de la parabole, caméra branchée sur la télé. Ce sera dans la section "Discussion générale" je crois...
Bonjour, Le D240 fournit un signal stereo (2voies:hétérodyne et extension de temps). J'ai eu aussi la même réaction avec le batbox duet.(heterodyne et div de freq.) J'avais constaté que chirosurf ne supportait pas les deux voies. Solution: supprimer une voie a l'enregistrement(cable mono) ou par lot sur les fichiers (kaleidoscope). Yann pourra peut être nous indiquer si le symptôme se comprend par rapport a la mécanique de l'application.
Bonjour, > J'ai ce problème avec les fichiers WAV issus de Petterson d240x, dont le son est enregistré sur 2 voies (une pour l'hétérodyne et l'autre pour l'expansion de temps) par un enregistreur Zoom. > Pour résoudre cela et permettre à ChiroSurf de gérer ces fichiers, je fais tourner Kaleidoscope en cochant "Split channel" afin qu'il me sépare les 2 voies...mais je dois louper un truc car : -certains fichiers WAV ne sont traités que partiellement : à la fin du traitement, il n'y a qu'un seul fichier au lieu de 2 -d'autres fichiers WAV ne sont pas traités du tout et n'apparaissent pas dans le dossier de destination -pour une partie des fichiers (la moitié env.), tout est ok > Si quelqu'un voit ce qui pose soucis, je suis preneur...
@Yann, pour les photos libre de droits, tu peux regarder ce qu'il y a sur Inaturalist : https://www.inaturalist.org/observations Si tu vas dans "Plus de filtres", tu peux sélectionner une licence libre ! Pas énormément de photos de chiros, mais je pense que tu peux en trouver au moins 1 de potable pour presque toutes les espèces !
Sujet: Re: ChiroSurf 2.4, analyse bioacoustique, gratuit, portable [24 04 24] Jeu 19 Oct - 14:35
Bonjour, Je ne parviens pas à installer ChiroSurf. Un message "Windows ne parvient pas à trouver le chemin, vous n'avez peut-être pas les autorisations etc." s'affiche. Puis le fichier est supprimé. Quelqu'un a-t-il une solution ? (pas mieux si le fichier est à la racine)
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