Bonjour Marie,
Comme Tadarida-L ne fonctionne pas en ligne de commande, je ne suis pas sur que ce soit faisable mais par contre Tadarida-L permet d'analyse plusieurs dossiers pour peu qu'ils soient tous dans le même dossier parent. Il faut cocher l'option "Include subfolder"
Sinon, si c'est juste pour créer des fichiers .ta, tu peux à la place utiliser Tadarida-D qui lui fonctionne en ligne de commande, tu créer un string sous R avec les arguments qui vont bien (cf. manuel de Tadarida-D) et tu utilises l'une de ces fonctions : shell, shell.exec ou system
Dis-moi si c'est pas clair